Assume, então, o comando do Batalhão o Major Floriano Vieira Peixoto, futuro Presidente da República. Sob este comando, o 9º Batalhão participou dos combates de Lomas Valentinas, Itá-ibaté, Angostura, Peribebui, Campo Grande e por fim esteve presente em Cerro Corá, onde tombou o Marechal Francisco Solano Lopes, Presidente do Paraguai, dando fim a guerra.