Ao deflagrar-se a Guerra da Tríplice Aliança, o 9º Batalhão segue para o teatro de operações, integrando a 9ª Brigada de Infantaria. Permaneceu no teatro de operações por cinco anos, participando de inúmeros combates onde sempre foi destaque. Na Batalha Naval de Riachuelo, combateu como tropa embarcada. Prosseguiu combatendo em: Potrero Obella, Tayi, Estero Bellaco, Piquiciri Avai onde tombou seu comandante, o Tenente-Coronel Francisco de Lima e Silva, atual Patrono do 62º Batalhão de Infantaria, de Joinvile.