O padre Francisco Xavier, que se encontrava em Málaca, na China, tomou conhecimento da descoberta do Japão pelos portugueses e ao conhecer um foragido japonês chamado Anjiro (que pode ser Ângelo, um nome de batismo), tomou a decisão de ir expandir a fé cristã no novo país.
Fugindo de uma acusação de homicídio, Anjiro havia buscado refúgio no navio do capitão Jorge Álvares, que esteve no Japão em 1544. Anjiro acompanhou Francisco Xavier em 1549 ao Japão e o auxiliou no trabalho de cristianização.
Numa das passagens mais curiosas da história, Xavier viaja para Kyoto, e em apenas onze dias verificou a razão porque a catequização não progredia e os japoneses davam pouca atenção às suas palavras: era a pobreza de que fizera voto, e que aos japoneses impressionava mal. Quando soube que o daimyõ (senhor feudal) de Yamaguchi era o mais poderoso do país, dirigiu-se para lá vestindo ricas vestes sacerdotais. O daimyõ ficou impressionado e recebeu de Xavier cartas do vice-rei da Índia e do bispo João de Albuquerque, pedindo autorização para o jesuíta pregar o cristianismo ali. A autorização do daimyõ, datada de 1552, diz:
"Este documento prova que dei licença aos padres vindos do Ocidente, para encontrarem ou construírem um mosteiro a fim de espalharem a lei de Buda". A última expressão mostra que os japoneses pensavam que se tratava de uma seita budista vinda da Índia. De fato, o daimyõ lhes deu um mosteiro budista para se instalarem.
Ao mesmo tempo que o cristianismo crescia, o comércio português também foi intensificando com o Japão. Os portugueses circulavam por vários portos e em todos faziam negócios. No Japão compravam prata, cobre, objetos laqueados e espadas. E vendiam sedas e ouro adquiridos na China. Em pouco tempo, Portugal passa a ser o único país a intermediar negócios entre o Japão e a China.
Apesar dos acontecimentos que se seguiram, como a chegada dos holandeses, o fechamento dos portos e o completo isolamento do Japão, a influência portuguesa no Japão pode ser vista ainda na atualidade. E não somente em Nagasaki, onde a presença portuguesa foi mais forte e demorada, mas em todo o arquipélago; atravessando o mar e chegando, curiosamente até o Brasil.
Como um simples exemplo dessa integração, temos algumas igrejas católicas no Brasil, onde as missas são realizadas em idioma japonês, por padres japoneses ou descendentes.