Face à evolução da situação sentiu o governo imperial a conveniência de confiar a uma só pessoa a Presidência da Província e o comando das Armas, tendo a escolha recaído no Coronel Luís Alves de Lima e Silva, que havia nove anos comandava o Corpo de Guardas Municipais Permanentes na Corte. A Carta Imperial de nomeação recebeu a data de 12 de dezembro de 1839. No dia 27, Luís Alves embarcava no navio São Sebastião, no Rio de Janeiro.