A comunidade judaica em Portugal conseguiu manter-se até à actualidade, não obstante a ordem de expulsão dos Judeus a 5 de Dezembro de 1496 por decreto do Rei D. Manuel I, obrigando muitos a escolher entre conversões forçadas ou a efectiva expulsão do país, ou à prisão e consequentes penas decretadas pela Inquisição portuguesa, que, precisamente por este motivo acabou por ser uma das mais activas na Europa. A forma como o culto se desenvolveu na vila raiana de Belmonte é um dos exemplos de perseverança dos judeus como unidade em Portugal. Em 1506, em Lisboa, dá-se um massacre de Judeus em que perderam a vida entre 2 000 e 4 000 pessoas, um dos mais violentos na época, a nível europeu.
Existem ainda minorias islâmicas (15 000 pessoas) e hindus, com base, na sua maioria, em descendentes de imigrantes, bem como alguns focos pontuais (alguns apenas a nível regional) de budistas, gnósticos e espíritas.
A Constituição Portuguesa garante liberdade religiosa total e a igualdade entre religiões, apesar da Concordata que privilegia a Igreja Católica, em várias dimensões da vida social, pelo que é comum, em algumas cerimónias oficiais públicas como inaugurações de edifícios ou eventos oficiais de Estado, haver a presença de um representante da Igreja Católica. No entanto, a posição religiosa dos políticos eleitos é normalmente considerada irrelevante pelos eleitores. A exemplo disso, dois dos últimos Presidentes da República (Mário Soares e Jorge Sampaio) eram pessoas assumidamente laicas.