É este 9º Batalhão de Infantaria que, nos idos de 1896-1897, participou ativamente de todas operações contra a Insurreição de Canudos, no sertão baiano. Uma sua Companhia, sob o comando do Tenente Manoel da Silva Pires Ferreira constituiu a 1ª Expedição, travando encarniçado combate corpo-a-corpo com os jagunços, em Uauá, em 21 de novembro de 1896. Contribuiu com a maioria do efetivo da 2 ªExpedição, sob o comando do Major Febrônio de Brito.