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O Ministério da Saúde é responsável pelo desenvolvimento da política da saúde, bem como de gerir o SNS. Cinco administrações regionais de saúde são responsáveis pela execução dos objectivos da política nacional de saúde, desenvolvimento de orientações e protocolos e supervisionar a prestação de cuidados de saúde. Os esforços para a descentralização têm se destinado a transferir a responsabilidade financeira e de gestão a nível regional. Na prática, porém, a autonomia das administrações regionais de saúde sobre definição de orçamento e das despesas foi limitada aos cuidados primários. O SNS é predominantemente financiado através de uma tributação geral. As contribuições dos empregadores (incluindo o Estado) e dos empregados representam as principais fontes de financiamento dos subsistemas de saúde. Além disso, os pagamentos directos pelo paciente e os prémios de seguros voluntários de saúde representam uma grande percentagem de financiamento.

Semelhante aos outros países da Europa, em Portugal a maioria da população morre com doenças não-transmissíveis. A mortalidade devido a doenças cardiovasculares (DCV) é maior do que na Zona Euro, mas as suas duas principais componentes, a doença cardíaca e a doença cerebrovascular, mostram as tendências em relação inversa com a Europa, com a doença cerebrovascular sendo a maior causa de morte em Portugal (17%). Doze por cento da população morre de cancro com menos frequência do que na Europa, mas não é diminui a taxa de mortalidade tão rapidamente como na Europa. O cancro é mais frequente entre as crianças, bem como entre as mulheres mais jovens, com idade inferior a 44 anos. Embora o cancro do pulmão (lentamente aumentando entre as mulheres) e o cancro da mama (diminuindo rapidamente) não afectem tanto, o cancro do colo do útero e da próstata são mais frequentes. Portugal tem a mais alta taxa de mortalidade por diabetes na Europa, com um aumento acentuado desde os finais da década de 1980.

Em Portugal, a taxa de mortalidade infantil caiu acentuadamente desde a década de 1980, quando 24 em cada 1000 recém-nascidos morriam no primeiro ano de vida. Agora, é cerca de 3 mortes por cada 1000 recém-nascidos. Esta melhoria deveu-se principalmente à diminuição da mortalidade neonatal, de 15,5 para 3,4 por cada 1000 nascidos vivos.

As pessoas são geralmente bem informadas sobre o seu estado de saúde, os efeitos positivos e negativos dos seus comportamentos em relação à sua saúde e a sua utilização dos serviços de saúde. Mas as percepções sobre a saúde podem diferir do que é administrativo e na análise baseada em dados que mostram os níveis de doença nas populações.Assim, os resultados de inquéritos baseados em auto-referência a nível do agregado familiar complementar, outros dados sobre estado de saúde e à utilização dos serviços. Apenas um terço dos adultos classificaram a sua saúde como boa ou muito boa em Portugal. Isto é menor do que nos países da Europa que elaboraram estes relatórios e reflecte a situação relativamente adversa do país em termos de mortalidade e morbidade.