O transporte ferroviário de passageiros e mercadorias é feito utilizando os 2791 km de linhas ferroviárias actualmente em serviço, dos quais 1430 encontram-se electrificados e aproximadamente 900 permitem velocidades de circulação superiores aos 120 km/h. A rede ferroviária é gerida pela REFER enquanto que os transportes de passageiros e mercadorias são da responsabilidade da Caminhos de Ferro Portugueses (CP), ambas empresas públicas. Em 2006 a CP transportou 133 milhões de passageiros e 9,75 milhões de toneladas de mercadorias.

A fase de concurso para a construção e exploração de uma rede ferroviária de alta velocidade, com as ligações Lisboa–Madrid, Lisboa–Porto e Porto–Vigo, terá início em 2008 para a primeira, enquanto que os concursos para as ligações Lisboa–Porto e Porto–Vigo foram adiados em consequência da actual crise financeira. A exploração deverá começar em 2013 nas ligações Lisboa–Madrid e em 2015 na ligação Lisboa–Porto. O investimento previsto para estas três ligações é de 7790 milhões de euros. Em estudo estão mais duas linhas de alta velocidade: Aveiro–Salamanca e Évora–Faro.

Lisboa tem uma posição geográfica que a torna num ponto de escala para muitas companhias aéreas estrangeiras nos aeroportos em todo o país. O Governo está actualmente a estudar o projecto para a construção de um novo Aeroporto Internacional em Alcochete, para substituir o actual aeroporto da Portela, em Lisboa. Actualmente, os aeroportos mais importantes são os aeroportos de Lisboa (Portela), Faro, Porto (Francisco Sá Carneiro), Funchal (Madeira) e Ponta Delgada (João Paulo II - Açores).[carece de fontes]