As universidades portuguesas existem desde 1290, sendo a primeira a Universidade de Coimbra, no entanto, estabeleceu-se primeiramente em Lisboa antes de se fixar definitivamente em Coimbra. As universidades são geralmente organizadas em faculdades. Institutos e escolas também são comuns às denominações das subdivisões das instituições autónomas do ensino superior, e são sempre utilizadas no sistema politécnico. O seu ingresso é feito através da média final que o aluno obteve no Ensino Secundário, e após a realização dos exames necessários. A Declaração de Bolonha foi adoptada desde 2006 pelas universidades e institutos politécnicos portugueses. Actualmente a Universidade do Porto é a maior do país, com cerca de 31000 estudantes, sendo a sua Faculdade de Engenharia a maior da Europa. Está também em construção, nesta Universidade, aquele que será o maior pólo de Ciências da Vida da Península Ibérica, que reunirá o Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar com a Faculdade de Farmácia.

Em termos estatísticos, a taxa de alfabetização nos adultos acima de 15 anos que podem ler e escrever situa-se nos 93,3%, sendo a taxa dos homens 95,5% e das mulheres em 91,3% (estimativas de 2003). As matrículas para a escola primária estão próximas dos 100%. Apenas 20% da população portuguesa em idade de frequentar um curso de ensino superior, frequenta as instituições de ensino superior do país. Para além de ser um dos principais destinos para os estudantes internacionais, Portugal está também entre os principais locais de origem de estudantes internacionais. Todos os estudantes do ensino superior, tanto a estudar no país como no estrangeiro, totalizaram cerca de 380 mil alunos em 2005.