O governo funcionava normalmente. Confiante nos auxiliares diretos, começou o Presidente a sair da capital e a dirigir por vezes pessoalmente as operações contra os rebeldes. Contudo, não se descuidava de suas obrigações em São Luís e retornava para tomar as decisões governamentais que exigissem sua presença.
Lima e Silva soube enfrentar com paciência todas as dificuldades materiais da tropa. Aos poucos foram se rarefazendo os efetivos de Raimundo Gomes.
