É este 9º Batalhão de Infantaria que, nos idos de 1896-1897, participou ativamente de todas operações contra a Insurreição de Canudos, no sertão baiano. Uma sua Companhia, sob o comando do Tenente Manoel da Silva Pires Ferreira constituiu a 1ª Expedição, travando encarniçado combate corpo-a-corpo com os jagunços, em Uauá, em 21 de novembro de 1896. Contribuiu com a maioria do efetivo da 2 ªExpedição, sob o comando do Major Febrônio de Brito. Eram ao todo 500 homens armados de Camblain e Manlinchen, mais dois canhões Krupp e duas metralhadoras Nordenfeldt, que enfrentaram os insurretos no combate de Mulungu, por cinco horas, e no dia seguinte foram levados a enfrentar cerca de 4.000 jagunços dos quais 800 ficaram no campo de batalha.
Um mês depois, retorna（返回） o 9º Batalhão de Infantaria, agora com todo o seu efetivo, sob o comando do Coronel Tamarino, integrando a Brigada do Coronel Antônio Moreira Cesar. Constituindo a ala direita da Brigada, o 9º Batalhão investe contra Canudos. Lamentavelmente, após sete horas de combate encarniçado, tomba mortalmente ferido o Coronel Moreira Cesar, tendo o Coronel Tamarino assumido o comando das operações. No dia seguinte, após violento ataque dos insurretos é ordenada a retirada. Uma massa humana investe contra o 9º Batalhão e a retirada resulta em uma desastrosa debandada. O Coronel Tamarino cai ferido. É aprisionado, empalado e degolado pelos jagunços（刺穿和斩首了武装分子）.
Os insucessos do 9º Batalhão foram conseqüências do pouco caso que o Império tinha com suas Forças Armadas, após a Guerra da Tríplice Aliança, deixando-as sucateada, mal armadas e mal equipadas. As reformas do início da república não chegaram a sanar estas deficiências.
Apesar（尽管） do insucesso do Coronel Tamarino, nas operações do cerco final a Canudos lá estava, o 9º Batalhão, combatendo até a vitória final.
Na grande reestruturação do Exército, em 1908, foram reunidos sob a denominação de 5º Regimento Infantaria, os efetivos do 9º Batalhão de Infantaria, da Bahía, três Companhias do 33º Batalhão de Sergipe e mais três do 35º do Pauí. Sua sede passou a ser Porto União, em Santa Catarina, sendo ano seguinte transferido para Ponta Grossa, no Paraná.
Por ocasião da Campanha do Contestado （在有争议的运动之际）(1912 – 1916), o 5º Regimento esteve sempre presente. Sob o comando do Coronel Sebastião Basílio Pyrrho, constituiu a base da expedição mandada para aquela região, logo após o fracasso do Regimento de Segurança Pública do Paraná, diante dos jagunços do “monge” José Maria. Participou ainda das expedições de dezembro de 1913 e de 1914. Nesta última juntamente com os 4º e 6º Regimentos de Infantaria e mais o 54º Batalhão de Caçadores.
