Portugal tem mais de 100 espécies de peixes de água doce que variam desde o bagre gigante europeu (Parque Natural do Tejo Internacional) a pequenas espécies endémicas que vivem apenas em pequenos lagos (Zona Oeste, por exemplo). Algumas destas espécies raras e específicas estão altamente ameaçadas devido à perda de habitat, poluição e secas. As águas marinhas portuguesas são umas das mais ricas em biodiversidade do mundo. As espécies marinhas são na ordem dos milhares e incluem a sardinha (Sardina pilchardus), o atum e a cavala do Atlântico. A bioluminescência marinha está muito bem representada (em espectros de diferentes cores e formas), com fenómenos interessantes, como o plâncton brilhante, que é possível observar em algumas praias. Em Portugal também é possível observar o fenómeno de ressurgência, especialmente na costa oeste, que torna o mar extremamente rico em nutrientes e biodiversidade. As áreas protegidas de Portugal incluem um parque nacional, treze parques naturais (o mais recente criado em 2005), nove reservas naturais,cinco monumentos naturais, e seis paisagens protegidas, que vão desde o Parque Nacional da Peneda-Gerês ao Parque Natural da Serra da Estrela. Em 2005, a Área de Paisagem Protegida do Litoral de Esposende, foi promovida a Parque Natural para "a conservação do cordão litoral e dos seus elementos naturais físicos, estéticos e paisagísticos."