O clima e a diversidade geográfica moldaram a flora portuguesa. No que diz respeito às florestas portuguesas estão muito difundidos, por razões económicas, o pinheiro (especialmente as espécies Pinus pinaster e Pinus pinea), o castanheiro (Castanea sativa), o sobreiro (Quercus suber), a azinheira (Quercus ilex), o carvalho português (Quercus faginea) e o eucalipto (Eucalyptus globulus).
A fauna de mamíferos é muito variada e inclui a raposa, texugo, lince ibérico, lobo ibérico, cabra selvagem (Capra pyrenaica), o gato selvagem (Felis silvestris), a lebre, a doninha, o sacarrabos, gineta, e ocasionalmente urso pardo (perto do Rio Minho, perto da Peneda-Gerês) e muitos outros. Portugal é um lugar de paragem importante para aves migratórias que se deslocam entre a Europa e África, em lugares como o Cabo de São Vicente ou a Serra de Monchique, onde podem ser vistos milhares de pássaros que voam a partir da Europa para África no Outono ou no sentido oposto na Primavera. Portugal tem cerca de 600 espécies de aves, entre as quais 235 nidificantes e quase todos os anos há novos registos. As ilhas dos Açores e da Madeira têm algumas espécies de origem americana, europeia e africana, enquanto o continente regista espécies de aves de origem europeia e africana.