Com o fim da guerra, Portugal deu início ao processo de exploração e expansão conhecido por Descobrimentos, entre cujas figuras cimeiras destacam o infante D. Henrique, o Navegador, e o Rei D. João II. Ceuta foi conquistada em 1415. O cabo Bojador foi dobrado por Gil Eanes em 1434, e a exploração da costa africana prosseguiu até que Bartolomeu Dias, já em 1488, comprovou a comunicação entre os oceanos Atlântico e Índico dobrando o cabo da Boa Esperança. Em rápida sucessão, descobriram-se rotas e terras na América do Norte, na América do Sul, e no Oriente, na sua maioria durante o reinado de D. Manuel I, o Venturoso. Foi a expansão no Oriente, sobretudo graças às conquistas de Afonso de Albuquerque que, durante a primeira metade do século XVI, concentrou quase todos os esforços dos portugueses, muito embora já em 1530 D. João III tivesse iniciado a colonização do Brasil.
O país teve o seu século de ouro durante este período. Porém, na batalha de Alcácer-Quibir (1578), o jovem rei D. Sebastião e parte da nobreza portuguesa pereceram. Sobe ao trono o Rei-Cardeal D. Henrique, que morre dois anos depois, abrindo a Crise de sucessão de 1580: esta resolve-se com a chamada monarquia dualista, em que Portugal e Espanha mantendo coroas separadas eram regidas pelo mesmo rei, também chamada União Ibérica, com a subida ao trono português de Filipe II de Espanha, o primeiro de três reis espanhóis (Dinastia Filipina).Privado de uma política externa independente, e envolvido na guerra travada por Espanha com a Holanda, Portugal sofreu grandes reveses no império, resultando na perda do monopólio do comércio no Índico.
Esse domínio foi terminado a 1 de Dezembro de 1640 pela nobreza nacional que, após ter vencido a guarda real num repentino golpe-de-estado, depôs a condessa governadora de Portugal, coroando D. João IV como Rei de Portugal.