A colonização foi efetivamente iniciada em 1534, quando D. João III dividiu o território em doze capitanias hereditárias, mas esse arranjo era problemático e em 1549 o rei atribuiu um governador-geral para administrar toda a colônia. Os portugueses assimilaram algumas das tribos nativas, enquanto outras foram escravizadas ou exterminadas em longas guerras ou por doenças europeias para as quais não tinham imunidade.Em meados do século XVI, o açúcar tornou-se o mais importante produto de exportação do Brasil e escravos africanos começaram a ser trazidos pelos portugueses para lidar com a crescente demanda internacional. Através de guerras contra os franceses, os portugueses lentamente expandiram seu território para o sudeste, tomando o Rio de Janeiro, em 1567, e para o noroeste, tomando São Luís em 1615. Eles enviaram expedições militares para a Amazônia e conquistaram fortalezas britânicas e holandesas, fundando aldeias e fortalezas em 1669. Em 1680 eles chegaram ao extremo sul e fundaram a Colônia do Sacramento, na margem do Rio da Prata, na região da Faixa Oriental (atual Uruguai).